JR東海、JR西日本、JR九州の3社は、2028年春から東海道・山陽・九州新幹線のダイヤが災害などにより乱れた場合、急きょ運行する臨時列車に指定席を設け、ネット予約サービス「EXサービス」限定で座席を確保できるようにする。また、2027年秋から夜間に「エクスプレス予約」「EXサービス」を利用できる時間帯を広げ、シートマップ（座席表）での座席指定を可能にする。

悪天候や地震などによって多数の列車に遅れや運休が発生した際に、当日に急に走らせることを決めた臨時列車は、これまでは全車自由席で運行していた。このため、乗客が座席を確保するために駅で長時間並んだり、途中駅からの乗車では混雑していて座れなかったりすることがあった。

システムの改修によりEXサービスでの予約・購入を可能にし、安心して利用できるように改善する。対象区間は後日発表される。駅の窓口などでは当該列車の指定席券の購入はできない。

また、夜間時間帯は現在、23時30分～翌5時30分はエクスプレス予約とスマートEXでシートマップを見て希望の座席を選ぶことができず、予約人数にも制限がある状況を解消する。予約サービス停止時間を23時45分～翌0時5分と1時50分～4時40分に見直し、これ以外のすべての時間帯で座席指定を可能にする。LINE経由の「LINEからEX」サービスは対象外となる。